访台期间，陈云林和江丙坤分别代表两岸签署了空运、海运、邮政和食品安全四项协议，并就改善大陆居民赴台湾旅游措施，及加强两岸工商、航运和金融合作达成了许多共识。两岸同胞渴望三十年的通航、通邮正变为现实，“大三通”时代的到来将把人们带入“一日生活圈”，两岸真正实现“千里一日还”。

　　在台北圆山大饭店举行的二次“陈江会谈”中，江丙坤首先起身为陈云林倒水，一段讲话后，陈云林亦起身为江丙坤倒水，两个短短的几秒钟的镜头，给世人留下清晰印象，它们在一定程度上见证了两会商谈气氛的温馨与轻松。

　　陈云林还宣布，在履行完相关手续后，大陆两只熊猫即将来台，落户台北市木栅动物园。而有“植物活化石”之称的珙桐树苗亦将落户台湾。他同时代表大陆同胞接受台湾同胞赠予的长鬃山羊和梅花鹿。

　　6日上午，台湾当局领导人马英九在台北宾馆会见了海协会会长陈云林及协商代表团主要成员、海基会董事长江丙坤等海基会人员。马英九在致辞中说，两岸关系又向前跨进了一大步。相信这样的发展不仅符合两岸人民的期望，也对两岸的稳定和繁荣作出贡献，希望未来两岸还有更多高层的互访。

　　宾主双方在亲切友好的气氛中，互赠了礼品。马英九赠给陈云林的礼品是台湾少数民族达悟人独木舟造型的著名莺歌陶作，象征“两岸三通、春暖花开、前景光明”。陈云林回赠给马英九的是著名画家韩美林的画作《骏马图》。

　　此行，陈云林拜会了台湾海基会前董事长辜振甫遗孀辜严倬云女士，表达秉承汪辜二老精神、继续他们未竟事业的决心。并前往台塑集团创办人王永庆灵堂吊唁，希望签署的有关协议能实现王永庆对“三通”的期待，告慰其在天之灵。陈云林还先后参加了中国国民党荣誉主席连战、亲民党主席宋楚瑜和国民党主席吴伯雄的宴请叙旧，并拜会了慈济证严法师。

　　在最后一晚举行的海协会答谢晚宴上，陈云林提到，短短几天，认识了很多新朋友，观看了电影《海角七号》，还品尝了台湾少数民族所酿制的“马拉桑”酒等。台湾广大同胞勤劳、热情、真情，以及如兄弟姐妹般说不清却感到十分亲切的那种感情，给他及海协会同仁留下了深刻印象。

　　“我们了解百年沧桑中台湾同胞的遭遇，知道有些同胞对两岸关系有不同的看法，毕竟两岸近六十年舞台上，我们的这个民族上演了多少悲欢离合、爱恨情仇、剪不断理还乱的事。”陈云林说，“这就需要我们更有诚意、耐心地去沟通、化解。只要我们秉承善意、运用智慧，深入解决攸关人民利益的经济议题和民生问题，累积成果，增进互信，完全可以通过共同努力，创造条件，解决历史遗留的复杂问题，本着以协商化解分歧，以合作取代对抗的精神，一定会感召越来越多的同胞，两岸关系和平发展的道路一定会越走越宽。”

　　江丙坤致辞时以“机缘、机遇、歉疚、感谢、期许”十字，表达了他对此次两会协商的感受。他表示，两会台北会谈即将完美落幕，希望今后立即展开作业，就此次达成的议题进行认真推动。